Pour la démarche Natura 2000, l'Europe a laissé aux états la liberté de moyens mais l'obligation de résultats. La France a choisi une démarche basée avant tout sur la concertation et contractualisation.
Ainsi, pour chaque site, un Comité de Pilotage (COPIL) est constitué, dont les membres sont désignés par le Préfet. Sous l’encadrement de représentants des services de l’État, cette instance permet le débat entre : élus locaux des collectivités territoriales, représentants des usagers, propriétaires, exploitants et associations de protection de la nature.
Le COPIL établit de manière concertée le Document d'Objectifs (DOCOB) du site et suit sa mise en œuvre, après l'approbation par le préfet. Ce document, après avoir identifié les enjeux de conservation du site, fixe les objectifs et définit les mesures qui peuvent contribuer à la préservation des espèces et habitats ayant justifié la création du site.
1. Élaboration d’un Document d’Objectif pour chaque site Natura 2000
Le DOCOB s’articule autour de plusieurs étapes clés :
- un diagnostic du site qui permet : de cartographier les espèces et habitats d’intérêt communautaire présentes ainsi que leur état de conservation mais, également, de lister les différentes activités socio-économiques présentes sur le site.
- Sur la base de cette première analyse, on fixe les objectifs à atteindre puis les mesures à mettre en œuvre pour les réaliser.
Le DOCOB ainsi obtenu prend en compte l’ensemble des aspirations des parties prenantes, qu’elles soient écologiques, économiques, culturelles ou sociales.
2. Mise en œuvre du Document d’Objectif
Une fois le DOCOB écrit, le Comité de Pilotage (ou COPIL) a la charge de mettre en œuvre les mesures définies.
Pour cela, il s’appuie principalement sur deux outils contractuels:
- La charte Natura 2000: Spécifique à chaque site, elle permet aux personnes qui souhaitent participer à la démarche de s’engager sur une charte de territoire établissant les grands principes de gestion à respecter. En échange, les signataires bénéficient d’aides fiscales (par exemple : suppression de la Taxe sur les propriétés foncières non bâties du site). La charte est accompagnée d’un livret annexe explicatif qui détaille le contenu de chaque engagement et explique pourquoi l’engagement a été retenu pour le site
- Les contrats Natura 2000 : Engagement plus fort que la charte, la signature d’un contrat permet la mise en œuvre d’une action inscrite au DOCOB. Le signataire est alors aidé financièrement pour réaliser les engagements qu’il a pris.
Les actions mises en œuvre sont suivies à l’aide d’indicateurs et leur impact sur la conservation des espèces et des habitats est évalué. Une évaluation communautaire des actions mises en œuvre et leur efficacité a ainsi lieu tous les 6 ans.
Parallèlement à cette démarche contractuelle, un nouveau dispositif "d’évaluation des incidences" destiné à limiter l’impact des nouveaux projets sur les habitats et les espèces d’intérêt communautaire, est paru en 2010 en France. Cette démarche vient en complément de la démarche contractuelle. Elle a été renforcée suite à la condamnation de la France par la Cour de Justice Européenne : son régime réglementaire avait été jugé insuffisant pour assurer un état de conservation favorable des espèces et habitats désignés comme d’Intérêt Communautaire (=non atteinte de l’obligation de résultat).
